söndag 29 april 2012

Genetik och källkritik - respons och motrespons

Pontus Skoglund, doktorand och förstanamn på artikeln i Science, tog sig tid att skriva ett utförligt svar till mitt inlägg i ett par kommentarer. Det uppskattar jag verkligen och jag lyfter upp den texten här i ett eget inlägg så att den kommer fram bättre. Jag sticker in egna kommentarer till Peters respons (som är kursiverad).
Det är tråkigt att höra att tycker det finns allvarliga problem i vår studie och hur den representeras i media. Jag håller med dig om att nyhetsrapportering i sådana här sammanhang väldigt ofta är förenklad och sensationslysten. Som forskare är det viktigt att försöka formulera sig så att det går att skilja observationer från tolkningar (teorier och hypoteser). Du riktar kritik mot svensk vetenskapsjournalistik i synnerhet, så jag skulle vilja tipsa om nyhetsartiklar skrivna av internationella medier såsom t.ex. Nature, Science, History.com och Wall Street Journal. Alla dessa ställde tuffa frågor i intervjuer, varav alla svar visserligen inte kom i tryck eller blev exakt citerade.
Trevligt med exempel på bra vetenskapsjournalistik, och med det menar jag reportrar som tar sig tid att ställa motfrågor. Jag tycker det är synd att denna gren har nedmonterats så fundamentalt i svenska medier, bara DN har fortfarande en (1!) specifik vetenskapsjournalist. Sen finns det många journalister med ett stort intresse för dessa frågor, men de får lite eller ingen tid att fördjupa sig eller bredda perspektiven.
Det som framhålls i populära media är främst vår tolkning av vilken historisk modell som enklast och bäst förklarar våra data. Läs gärna hela vårt resonemang i artikeln och dess supplementmaterial (tyvärr är huvudtexten inte open access men alla som är intresserade är välkomna att kontakta mig på pontus.skoglund@ebc.uu.se), men jag ska försöka kortfattat förklara vad våra slutsatser är baserade på:


Jag ser att en av dina invändningar av tidigare mitokondriestudier är att i princip alla jämförelser kräver att man definierar grupper av individer (t.ex. "Svenskar", "jägar-samlare"). En av fördelarna med att analysera tusentals oberoende genetiska "markörer" från varje individ som vi gör är att man inte behöver definiera grupper, utan varje individ behandlas just individuellt. När vi jämför de 4 stenåldersindividerna med hundratusentals genetiska markörer från totalt ca 3500 nu levande personer med europeisk härkomst, så framgår det i varje analys med stor säkerhet att Gökhemsindividen faller inom den genetiska variationen hos människor i södra europa kring medelhavet (t.ex. Cypern, Sardinien, och Grekland), medan alla de tre gotländska individerna faller utanför den genetiska variationen hos alla nu levande europeer, men är lika grupper från de allra mest nordliga delarna av europa. Ett sätt att beskriva den genetiska signaturen hos de tre gotländska individerna är med hjälp av observationen att genetisk variation i europa liknar den geografiska kartan, och om man ser på de gotländska individerna på samma sätt så placerar deras genetiska signatur dem i norra atlanten.

Detta mönster tyder på att Gökhemsindividen har en annorlunda genetisk bakgrund än de gotländska individerna, men genetiska mönster är alltid ett resultat av historiska processer, så den givna frågan är vilka historiska modeller skulle kunna förklara observationerna?


Vi visar att relativt mycket av den genetiska variationen hos personer med europeisk härkomst kan placeras på en "skala" mellan Gökhemsindividen och de gotländska individerna. När vi tittar närmare på Gökhemsindividen genom matematiska modeller, så ser vi att dess historiska relation med andra europeiska populationer inte kan förklaras med en enkel "trädmodell", utan ser tecken på genflöde från en population nära besläktad med Gökhemsindividen till de flesta europeiska populationer.


Den enklaste förklaringen till dessa mönster anser vi vara skillnaderna i arkeologisk kontext mellan individerna, som då mest naturligt skulle ha att göra med jordbrukets spridning över europa. Även om kultur och genetik inte behöver vara kopplade till varandra, så skulle kopplingarna mellan kulturerna som du påpekar kunna passa en modell där europas genetiska variation formades i mötet av koloniserande och redan närvarande människogrupper. Detta utesluter inte att andra historiska perioder också har påverkar europas genetiska variation (säkerligen har de det), men vi föreslår att just jordbrukets spridning kan ha varit en av de viktigaste.
Jag förstår er argumentation, men jag anser att den bygger på ett par mycket felaktiga antaganden. Dels att Gökhemsindividen representerar de första jordbrukarna, dels att Gotlandsindividerna inte gör det. Detta är kronologiskt och arkeologiskt problematiskt då Gökhemsindividen är 1000 år efter jordbrukets införande och nog måste du erkänna att detta är en ganska markant tidsrymd. Dels då Trattbägarkulturen fanns på Gotland innan gropkeramikerna, t.o.m. några svaga försök att införa meglaitisk kultur, och materialet talar starkt för att det är en gradvis övergång och populationsmässig kontinuitet till gropkeramisk kultur. Vi kan vända på det och säga att gropkeramikerna teoretiskt sett skulle kunna representera de som etablerade jordbruket i Sverige. Er studie kan varken bekräfta eller motbevisa detta i nuläget då ert genetiska material är så begränsat i tid och rum och antal individer.
För att ge mina synpunkter på dina kommentarer:

1 och 2. Kul att du tycker att våra data är trovärdiga och tycker det är intressant med genetiska analyser!
3. Jag håller inte med om att det här är samma studie som de tidigare publicerade mitokondriestudierna. Trots det mer begränsade antalet individer så ger våra nya genomiska data och metoderna vi använder för att analysera dom helt andra möjligheter och resultat. Dessutom har de tidigare publicerade studierna fokuserat framförallt på individer associerade med GRK.
Jag uttryckte mig lite slarvigt. Er (din) studie är ny i så mån att ni nu lyckats analysera mer kärn-DNA vilket är mycket uppmuntrande. Men exakt samma tes, med samma brösttoner om att det nu är slutgiltigt bevisat, framfördes i samband med mitokondriestudierna. Och där fanns det med individer från Gökhem och från fler megalitgravar dessutom (även om en hel del av dem dock var bronsålder visade det sig vid datering).

A. Urvalet. Tyvärr så är det dyrt och mödosamt att göra den här typen av analyser, och vi skulle mer än gärna haft resurser att inkludera fler individer än 4. Dock så kvarstår resultatet, Gökhemsindividen behöver inte antas representera hela bondekulturen (även om Strontium-isotopstudier av Karl-Göran Sjögren tyder på typiska värden för samtida individer i regionen, och dess mtDNA delas med t.ex. LBK-associerade individer från Tyskland) för att dess oväntade genetiska profil ska kräva någon sorts förklaring. Det genetiska avståndet mellan Gökhemsindividen och de 3 Gotländska individerna är minst lika stort som det maximala avståndet mellan nu levande europeer, så de 30-40 mil som skiljer Falbygden från Gotland duger inte som enda förklaring i min mening.
Jag förstår att urvalet begränsas av både metodiska frågor och av det faktum att det helt enkelt inte finns särskilt mycket ben att tillgå. Men då kanske man borde hålla sig från att dra för stora växlar på det i detta skede. Ett problem som jag ser det är att de genetiska modeller som ofta ställs främst kalkylerar med två scenarior: migration eller mutation. Det är uppenbart att den naturliga mutationen av de genetiska profilerna inte hade kunnat hamna så långt ifrån varandra utan inflöde av nya gener. Men det är sällan ni verkar räkna med alternativ 3: genetisk förändring pga skilda giftermålsnätverk, vilka över 20-30 generationer kan bidra till påtagliga skillnader. Antropologiskt sett vet vi att giftermålsnätverk kan spänna över stora områden och att det främsta sättet att få tag på nya produkter och ändra sin materiella kultur är just genom att dela släktskapssystem. Vi vet också att dessa kan riktas om mot helt nya nätverk/regioner inom loppet av ett par generationer.
B. Datering. Om du menar att det första jordbruket 1000 år tidigare var kopplat till en människogrupp som inte är Gökhemsindividens direkta föregångare, så är ju det givetvis teoretiskt möjligt. Men denna genetiska profil hos en individ 1,000 år senare kräver oavsett en förklaring, och tolkningen att dess föregångare migrerade från sydligare regioner hänger inte på att den är representativ för det absolut första jordbruket i Skandinavien.
Se ovan.
C. Att kalla de gotländska individerna för jägar-samlare: Jag är ingen arkeolog men förstår att det finns inslag av blandad ekonomi på många platser från den här tidpunkten. Såvitt jag förstår så skulle dock de flesta hålla med om att kontexten som dessa 3 individer kommer ifrån har en väldigt mycket kraftigare betoning på jägar-samlarkultur än kontexten som Gökhemsindividen kommer ifrån. Det är svårt att beskriva detta med det begränsade utrymme som Science ger, men i supplementmaterialet så finns en text som diskuterar den relevanta arkeologiska bakgrunden lite mer utförligt.
Det här är inte din huvudvärk att diskutera egentligen, jag vet att du är beroende av dina medförfattare för denna fråga. Enskilda författare bidrar med olika expertis och din expertis ligger inom genetiken. Gropkeramikerna på Gotland är nästa uteslutande jägare-samlare, med betoning på marin jakt. Men det säger inget om hur de levde 500 år tidigare. Jag vet att de flesta tror att utveckling går enkom i en riktning men det är inte sant när det gäller mänsklig kultur. Gropkeramisk kultur är känt utanför svenska arkeologiska kretsar som ett av de tydligaste exemplen på folk som övergett jordbruk (av lågintensiv typ) för att återgå till närmast ren jägar-samlar ekonomi.
För mig som populationsgenetiker (med stort arkeologiskt intresse!) så är resultaten oerhört fascinerande, särskilt ur perspektivet av dagens genetiska/genomiska variation. Jag är väldigt nyfiken på att höra hur du tolkar du våra resultat utifrån ditt perspektiv, och hoppas på en fortsatt aktiv diskussion, fri från raljerande, mellan arkeologi och populationsgenetik kring den här och flera andra frågeställningar!


Vänliga hälsningar,
Pontus Skoglund 
Jag ser också fram emot det! Och jag tycker att det bästa för forskningen är sann tvärvetenskap med fortlöpande dialoger mellan olika grenar. Humanister behöver lära sig förstå och värdera naturvetenskap och vice versa. Själv har jag blivit mycket trött och ledsen av att de invändningar jag tar upp ofta inte ens verkar bemötas utan man förutsätter att jag pratar utifrån någon sorts fientlig inställning till genetiska studier. Att jag inte skulle tro på dom. Jag finner extremt stort värde i genetik och isotopanalyser av ben och vet att de kommer fördjupa vår kunskap om förhistorien. Mina invändningar handlar om hur vi tolkar era resultat och sätter dom i relation till radiometriska dateringar och arkeologiskt källmaterial.

Jag respekterar er rätt att tolka era resultat. Jag hoppas att ni respekterar min rätt att tolka resultaten utifrån min förståelse av perioden. Och jag skulle personligen bli mycket glad om retoriken mildrades lite så att det inte verkar som att ni stänger dörren för debatt och motargument, genom att säga att ni har slutgiltigt bevisat detta. Som Michael Balter skrev i sin kommentar i Science så finns det andra forskare som är mer försiktiga och påpekar att svaret vi söker efter ligger minst 5-10 år i framtiden.

Med förhoppning om att du fortsätter forska på detta och att vi får chans att diskutera det många gånger i framtiden.



lördag 28 april 2012

Genetik utan källkritik - igen

Vetenskap, från filosofi till fysik, handlar om rätten att lägga fram hypoteser och teorier och rätten att ifrågasätta och testa dessa. Men det handlar också om att "sälja in" till media och allmänhet för att få uppmärksamhet och förhoppningsvis anslag. Alla som känner mig vet hur viktig jag tycker det är att forskare förmedlar sina upptäckter. Men det finns en baksida till allt, och jag måste erkänna att jag tycker de senaste dagarnas mediakampanj kring DNA-analyser av stenåldersben från Sverige faller mestadels i den andra kategorin. Det finns många problem med den tolkning som förts fram i media av Anders Götherström, men det allra största problemet är nog att det inte förs fram som en teori utan som ett faktum. Jag kommer inte trötta ut er med en lång utläggning, men jag vill peka på några stora, extremt allvarliga problem med studien som jag och många med mig ser det. Sen får ni fatta era egna beslut.

Först några klargöranden.
1. Jag betvivlar inte resultaten av DNA-studien i sig - dvs metoden att få fram vissa genetiska markörer. Den är säkert alldeles korrekt.
2. Jag är inte emot genetiska studier av gammalt material. Tvärtom tillhör jag falangen "vetenskaps-kramare" inom arkeologin och jag tror att det finns oerhört mycket intressant att lära sig av naturvetenskapliga analyser på skelettmaterial.
3. Det här är egentligen ingen ny studie alls. Lite bättre metoder har fått fram lite bättre detaljer kring den genetiska uppsättningen, men i grunden är detta exakt samma studie - och tolkning - som Götherström fört fram de senaste 3-4 åren.

Så vad är problemen?

A. Urvalet. 4 individer. Varav en (1!) från den jordbrukande trattbägarkulturen. Det här är ett källkritiskt problem av monumentala mått och att låtsas som något annat är att felrepresentera vetenskaplig metodik å det grundligaste. Att skelettet som representerar hela bondekulturen kommer från Gökhem i Västergötland och de som ska representera jägare-samlare (3 st) kommer från Gotland är också problematiskt.

B. Dateringen. Gökhem-individen är daterad till 2900 f.Kr (4900 år gammal), de tre gotlandsindividerna är daterade till mellan 3300-2400 f.Kr. Men det är faktiskt inte spridningen i kronologin som är problemet. Det är att de helt enkelt är för sena. Jordbruket infördes i Sverige runt 3900 f.Kr. Alltså 1000 år tidigare. Ett. Tusen. År. Ett millennium.

Att hävda att Gökhemspersonens DNA ska representera de första invandrarna är ett extremt stort antagande. Ett antagande som hänger på vissa inte uttalade hypoteser. Den första hypotesen är att inte mycket händer befolkningsmässigt under dessa tusen år. Det kunde vara ok som hypotes om det inte vore för att den sociala och materiella kultur vi ser i Sydskandinavien genomgår stora föränndringar under denna tid. Kanske mest markant är att runt 3500 f.Kr. så börjar man konstruera massiva stenkammargravar vilka är en del av den megalitbyggartradition som förekommer fr.a. längs kustnära områden från Malta via Spanien, Frankrike, Storbitannien och hela vägen till Polen. Att vi i Sverige kallar detta vid samma kulturnamn är en forskningshistorisk kvarleva som inte borde användas som nån sorts biologisk utgångspunkt för genetiska studier. Det finns absolut inget som säger att det inte kan ha skett folkomflyttningar under de följande 1000 åren efter jorbrukets införande, antingen stora eller gradvisa i samband med giftermål.

C. Fel utgångspunkt. Att jägarna-samlarna på Gotland (gropkeramisk kultur) presenteras som om de representerade en grupp som aldrig jordbrukat. Trattbägarkulturen fanns på Gotland - den tidiga, men inte den senare megalitiska. Gropkeramisk kultur som förekommer i östra Sverige från Gästrikland ned till Skåne är inte en direkt fortsättning på den mesolitiska jägar-samlarkulturen. Befolkningsmässigt kan de mycket väl vara det, om än troligtvis med en hel del ingifte från andra gruppen, men de utvecklades ur trattbägarkulturen och de områden de bodde i hade etablerat jordbruk och tamdjursskötsel under 5-600 år, även om det kombinerades med jakt och fiske.

Vad som gör mig trött och ledsen med den senaste mediekampanjen är att de som är inblandade VET allt detta, de agerar inte utifrån okunskap. De har dessutom fått dessa invändningar i diverse seminarier och konferenser och i artiklar och avhandlingar under de senaste åren och på inget plan verkar de beredda att bemöta denna källkritik på ett seriöst sätt. De har ett vapen som ingen annan kan mäta sig med: maskiner som säger ping och spottar ut fakta på ett papper.

Men all fakta måste sättas in i ett sammanhang och tolkas. Och vetenskap avgörs av källkritik och statistiskt underlag, inte om man råkar ha en bra analysmetod. Ta bara en titt på en hel del annat som publicerats i fina tidskrifter som Nature och Science och Lancet i efterhand visat sig vara fullständigt felaktiga.

Om vi haft äkta vetenskapsjournalistik i landet hade åtminstone någon kritisk motfråga ställts. Nu accepteras alla uttalanden som gospel. Ska det verkligen vara så att forskare får uttala sig utan något ifrågasättande eller försök till nyansering? Varför ska vi ens ha vetenskapsnyheter i så fall?
Jag blir väldigt, väldigt trött och less och utled på hela cirkusen.

Vad tycker ni? Hur uppfattar ni resultaten? Och nyhetsrapporteringen?


Bloggposter från DNA och Arkeologi-konferens jag var på i Göteborg 2010.
Arkeologi, DNA och kulturkonflikter Del 1

Arkeologi, DNA och kulturkonflikter Del 2

Arkeologi, DNA och kulturkonflikter Del 3


Ett inlägg jag skrev 2009 - första gången detta valsades i pressen
Förfäder och munväder

Alla mina inlägg om DNA och arkeologi (även sånt jag tycker är bra studier)
Kategori DNA

Och så en Under Strecket jag skrev på ämnet 2009. Den är inte så redig som jag skulle vilja tyvärr.

söndag 1 april 2012

Sensationellt fynd i Sigtuna och stora planer för universiteten

Anders Wikström på Sigtuna museum berättar om det sensationella fyndet som kommer skriva om golfens historia för alltid!
Å andra sidan drar undersökningarna i Gamla Uppsala igång i sommar och jag är övertygad om att högarna kommer visa sig vara förhistoriska slalombackar.

Tack till Riksantikvarien för tipset


Apropå Uppsala förresten - det kommer ske många förändringar framöver. Jag visste väl att sammangåendet med Visby Högskola bara var en fint som döljde större rävspel bakom kulisserna (jag menar - Visby...!).
Tydligen är den egentliga planen att slå ihop Lund och Uppsala och skapa ett superuniversitet. Enda som kvarstår är en omröstning om namnet: Lundsala eller Upplunda? Vad röstar du på!


Läs även andra bloggares åsikter om , , , , , , ,