söndagen den 29:e april 2012

Genetik och källkritik - respons och motrespons

Pontus Skoglund, doktorand och förstanamn på artikeln i Science, tog sig tid att skriva ett utförligt svar till mitt inlägg i ett par kommentarer. Det uppskattar jag verkligen och jag lyfter upp den texten här i ett eget inlägg så att den kommer fram bättre. Jag sticker in egna kommentarer till Peters respons (som är kursiverad).
Det är tråkigt att höra att tycker det finns allvarliga problem i vår studie och hur den representeras i media. Jag håller med dig om att nyhetsrapportering i sådana här sammanhang väldigt ofta är förenklad och sensationslysten. Som forskare är det viktigt att försöka formulera sig så att det går att skilja observationer från tolkningar (teorier och hypoteser). Du riktar kritik mot svensk vetenskapsjournalistik i synnerhet, så jag skulle vilja tipsa om nyhetsartiklar skrivna av internationella medier såsom t.ex. Nature, Science, History.com och Wall Street Journal. Alla dessa ställde tuffa frågor i intervjuer, varav alla svar visserligen inte kom i tryck eller blev exakt citerade.
Trevligt med exempel på bra vetenskapsjournalistik, och med det menar jag reportrar som tar sig tid att ställa motfrågor. Jag tycker det är synd att denna gren har nedmonterats så fundamentalt i svenska medier, bara DN har fortfarande en (1!) specifik vetenskapsjournalist. Sen finns det många journalister med ett stort intresse för dessa frågor, men de får lite eller ingen tid att fördjupa sig eller bredda perspektiven.
Det som framhålls i populära media är främst vår tolkning av vilken historisk modell som enklast och bäst förklarar våra data. Läs gärna hela vårt resonemang i artikeln och dess supplementmaterial (tyvärr är huvudtexten inte open access men alla som är intresserade är välkomna att kontakta mig på pontus.skoglund@ebc.uu.se), men jag ska försöka kortfattat förklara vad våra slutsatser är baserade på:


Jag ser att en av dina invändningar av tidigare mitokondriestudier är att i princip alla jämförelser kräver att man definierar grupper av individer (t.ex. "Svenskar", "jägar-samlare"). En av fördelarna med att analysera tusentals oberoende genetiska "markörer" från varje individ som vi gör är att man inte behöver definiera grupper, utan varje individ behandlas just individuellt. När vi jämför de 4 stenåldersindividerna med hundratusentals genetiska markörer från totalt ca 3500 nu levande personer med europeisk härkomst, så framgår det i varje analys med stor säkerhet att Gökhemsindividen faller inom den genetiska variationen hos människor i södra europa kring medelhavet (t.ex. Cypern, Sardinien, och Grekland), medan alla de tre gotländska individerna faller utanför den genetiska variationen hos alla nu levande europeer, men är lika grupper från de allra mest nordliga delarna av europa. Ett sätt att beskriva den genetiska signaturen hos de tre gotländska individerna är med hjälp av observationen att genetisk variation i europa liknar den geografiska kartan, och om man ser på de gotländska individerna på samma sätt så placerar deras genetiska signatur dem i norra atlanten.

Detta mönster tyder på att Gökhemsindividen har en annorlunda genetisk bakgrund än de gotländska individerna, men genetiska mönster är alltid ett resultat av historiska processer, så den givna frågan är vilka historiska modeller skulle kunna förklara observationerna?


Vi visar att relativt mycket av den genetiska variationen hos personer med europeisk härkomst kan placeras på en "skala" mellan Gökhemsindividen och de gotländska individerna. När vi tittar närmare på Gökhemsindividen genom matematiska modeller, så ser vi att dess historiska relation med andra europeiska populationer inte kan förklaras med en enkel "trädmodell", utan ser tecken på genflöde från en population nära besläktad med Gökhemsindividen till de flesta europeiska populationer.


Den enklaste förklaringen till dessa mönster anser vi vara skillnaderna i arkeologisk kontext mellan individerna, som då mest naturligt skulle ha att göra med jordbrukets spridning över europa. Även om kultur och genetik inte behöver vara kopplade till varandra, så skulle kopplingarna mellan kulturerna som du påpekar kunna passa en modell där europas genetiska variation formades i mötet av koloniserande och redan närvarande människogrupper. Detta utesluter inte att andra historiska perioder också har påverkar europas genetiska variation (säkerligen har de det), men vi föreslår att just jordbrukets spridning kan ha varit en av de viktigaste.
Jag förstår er argumentation, men jag anser att den bygger på ett par mycket felaktiga antaganden. Dels att Gökhemsindividen representerar de första jordbrukarna, dels att Gotlandsindividerna inte gör det. Detta är kronologiskt och arkeologiskt problematiskt då Gökhemsindividen är 1000 år efter jordbrukets införande och nog måste du erkänna att detta är en ganska markant tidsrymd. Dels då Trattbägarkulturen fanns på Gotland innan gropkeramikerna, t.o.m. några svaga försök att införa meglaitisk kultur, och materialet talar starkt för att det är en gradvis övergång och populationsmässig kontinuitet till gropkeramisk kultur. Vi kan vända på det och säga att gropkeramikerna teoretiskt sett skulle kunna representera de som etablerade jordbruket i Sverige. Er studie kan varken bekräfta eller motbevisa detta i nuläget då ert genetiska material är så begränsat i tid och rum och antal individer.
För att ge mina synpunkter på dina kommentarer:

1 och 2. Kul att du tycker att våra data är trovärdiga och tycker det är intressant med genetiska analyser!
3. Jag håller inte med om att det här är samma studie som de tidigare publicerade mitokondriestudierna. Trots det mer begränsade antalet individer så ger våra nya genomiska data och metoderna vi använder för att analysera dom helt andra möjligheter och resultat. Dessutom har de tidigare publicerade studierna fokuserat framförallt på individer associerade med GRK.
Jag uttryckte mig lite slarvigt. Er (din) studie är ny i så mån att ni nu lyckats analysera mer kärn-DNA vilket är mycket uppmuntrande. Men exakt samma tes, med samma brösttoner om att det nu är slutgiltigt bevisat, framfördes i samband med mitokondriestudierna. Och där fanns det med individer från Gökhem och från fler megalitgravar dessutom (även om en hel del av dem dock var bronsålder visade det sig vid datering).

A. Urvalet. Tyvärr så är det dyrt och mödosamt att göra den här typen av analyser, och vi skulle mer än gärna haft resurser att inkludera fler individer än 4. Dock så kvarstår resultatet, Gökhemsindividen behöver inte antas representera hela bondekulturen (även om Strontium-isotopstudier av Karl-Göran Sjögren tyder på typiska värden för samtida individer i regionen, och dess mtDNA delas med t.ex. LBK-associerade individer från Tyskland) för att dess oväntade genetiska profil ska kräva någon sorts förklaring. Det genetiska avståndet mellan Gökhemsindividen och de 3 Gotländska individerna är minst lika stort som det maximala avståndet mellan nu levande europeer, så de 30-40 mil som skiljer Falbygden från Gotland duger inte som enda förklaring i min mening.
Jag förstår att urvalet begränsas av både metodiska frågor och av det faktum att det helt enkelt inte finns särskilt mycket ben att tillgå. Men då kanske man borde hålla sig från att dra för stora växlar på det i detta skede. Ett problem som jag ser det är att de genetiska modeller som ofta ställs främst kalkylerar med två scenarior: migration eller mutation. Det är uppenbart att den naturliga mutationen av de genetiska profilerna inte hade kunnat hamna så långt ifrån varandra utan inflöde av nya gener. Men det är sällan ni verkar räkna med alternativ 3: genetisk förändring pga skilda giftermålsnätverk, vilka över 20-30 generationer kan bidra till påtagliga skillnader. Antropologiskt sett vet vi att giftermålsnätverk kan spänna över stora områden och att det främsta sättet att få tag på nya produkter och ändra sin materiella kultur är just genom att dela släktskapssystem. Vi vet också att dessa kan riktas om mot helt nya nätverk/regioner inom loppet av ett par generationer.
B. Datering. Om du menar att det första jordbruket 1000 år tidigare var kopplat till en människogrupp som inte är Gökhemsindividens direkta föregångare, så är ju det givetvis teoretiskt möjligt. Men denna genetiska profil hos en individ 1,000 år senare kräver oavsett en förklaring, och tolkningen att dess föregångare migrerade från sydligare regioner hänger inte på att den är representativ för det absolut första jordbruket i Skandinavien.
Se ovan.
C. Att kalla de gotländska individerna för jägar-samlare: Jag är ingen arkeolog men förstår att det finns inslag av blandad ekonomi på många platser från den här tidpunkten. Såvitt jag förstår så skulle dock de flesta hålla med om att kontexten som dessa 3 individer kommer ifrån har en väldigt mycket kraftigare betoning på jägar-samlarkultur än kontexten som Gökhemsindividen kommer ifrån. Det är svårt att beskriva detta med det begränsade utrymme som Science ger, men i supplementmaterialet så finns en text som diskuterar den relevanta arkeologiska bakgrunden lite mer utförligt.
Det här är inte din huvudvärk att diskutera egentligen, jag vet att du är beroende av dina medförfattare för denna fråga. Enskilda författare bidrar med olika expertis och din expertis ligger inom genetiken. Gropkeramikerna på Gotland är nästa uteslutande jägare-samlare, med betoning på marin jakt. Men det säger inget om hur de levde 500 år tidigare. Jag vet att de flesta tror att utveckling går enkom i en riktning men det är inte sant när det gäller mänsklig kultur. Gropkeramisk kultur är känt utanför svenska arkeologiska kretsar som ett av de tydligaste exemplen på folk som övergett jordbruk (av lågintensiv typ) för att återgå till närmast ren jägar-samlar ekonomi.
För mig som populationsgenetiker (med stort arkeologiskt intresse!) så är resultaten oerhört fascinerande, särskilt ur perspektivet av dagens genetiska/genomiska variation. Jag är väldigt nyfiken på att höra hur du tolkar du våra resultat utifrån ditt perspektiv, och hoppas på en fortsatt aktiv diskussion, fri från raljerande, mellan arkeologi och populationsgenetik kring den här och flera andra frågeställningar!


Vänliga hälsningar,
Pontus Skoglund 
Jag ser också fram emot det! Och jag tycker att det bästa för forskningen är sann tvärvetenskap med fortlöpande dialoger mellan olika grenar. Humanister behöver lära sig förstå och värdera naturvetenskap och vice versa. Själv har jag blivit mycket trött och ledsen av att de invändningar jag tar upp ofta inte ens verkar bemötas utan man förutsätter att jag pratar utifrån någon sorts fientlig inställning till genetiska studier. Att jag inte skulle tro på dom. Jag finner extremt stort värde i genetik och isotopanalyser av ben och vet att de kommer fördjupa vår kunskap om förhistorien. Mina invändningar handlar om hur vi tolkar era resultat och sätter dom i relation till radiometriska dateringar och arkeologiskt källmaterial.

Jag respekterar er rätt att tolka era resultat. Jag hoppas att ni respekterar min rätt att tolka resultaten utifrån min förståelse av perioden. Och jag skulle personligen bli mycket glad om retoriken mildrades lite så att det inte verkar som att ni stänger dörren för debatt och motargument, genom att säga att ni har slutgiltigt bevisat detta. Som Michael Balter skrev i sin kommentar i Science så finns det andra forskare som är mer försiktiga och påpekar att svaret vi söker efter ligger minst 5-10 år i framtiden.

Med förhoppning om att du fortsätter forska på detta och att vi får chans att diskutera det många gånger i framtiden.



4 kommentarer:

Jonas F sa...

Bra diskussion! Och ovanlig. Sånt här vill jag se mer av.

Mats Widgren sa...

Bra diskussion -- ger svar på min stora förundran över de braskande rubrikerna. Att läsa stora samhällsvetenskapliga och humanistiska frågor med naturvetenskap är inte alltid övertygande.

Erik sa...

Känner igen denna diskussion... ;)

Mycket spännande material som de kommer med som jag kommer använde i min C-uppsats som numera kommer handla om en kritisk granskning av de tre dominerande teorierna kring den gropkeramiska kulturens uppkomst (utveckling ur trattbägare, inledning på stridsyxekulturen eller modifiering av kamkeramiker)

//Erik

Anonym sa...

Jag b´vill gärna ha en förklaring till vad du maenar med detta:

"Detta mönster tyder på att Gökhemsindividen har en annorlunda genetisk bakgrund än de gotländska individerna, men genetiska mönster är alltid ett resultat av historiska processer, så den givna frågan är vilka historiska modeller skulle kunna förklara observationerna?"

Vad menar du med historiska processer och modeller?

Modellerna har väl en tendens att släpa efter empiriska resultat och vara infikterade av nationalistiska tankar.

Är det inte de snorrianska sagorna som snurrar här?

Jag läser om trattbärarkulturen och stridsyxekulturen och detta verkar bekräfta slutsatserna?

Nu är jag bara en enkel amatör så jag kan vara helt fel ute.