lördag 28 april 2012

Genetik utan källkritik - igen

Vetenskap, från filosofi till fysik, handlar om rätten att lägga fram hypoteser och teorier och rätten att ifrågasätta och testa dessa. Men det handlar också om att "sälja in" till media och allmänhet för att få uppmärksamhet och förhoppningsvis anslag. Alla som känner mig vet hur viktig jag tycker det är att forskare förmedlar sina upptäckter. Men det finns en baksida till allt, och jag måste erkänna att jag tycker de senaste dagarnas mediakampanj kring DNA-analyser av stenåldersben från Sverige faller mestadels i den andra kategorin. Det finns många problem med den tolkning som förts fram i media av Anders Götherström, men det allra största problemet är nog att det inte förs fram som en teori utan som ett faktum. Jag kommer inte trötta ut er med en lång utläggning, men jag vill peka på några stora, extremt allvarliga problem med studien som jag och många med mig ser det. Sen får ni fatta era egna beslut.

Först några klargöranden.
1. Jag betvivlar inte resultaten av DNA-studien i sig - dvs metoden att få fram vissa genetiska markörer. Den är säkert alldeles korrekt.
2. Jag är inte emot genetiska studier av gammalt material. Tvärtom tillhör jag falangen "vetenskaps-kramare" inom arkeologin och jag tror att det finns oerhört mycket intressant att lära sig av naturvetenskapliga analyser på skelettmaterial.
3. Det här är egentligen ingen ny studie alls. Lite bättre metoder har fått fram lite bättre detaljer kring den genetiska uppsättningen, men i grunden är detta exakt samma studie - och tolkning - som Götherström fört fram de senaste 3-4 åren.

Så vad är problemen?

A. Urvalet. 4 individer. Varav en (1!) från den jordbrukande trattbägarkulturen. Det här är ett källkritiskt problem av monumentala mått och att låtsas som något annat är att felrepresentera vetenskaplig metodik å det grundligaste. Att skelettet som representerar hela bondekulturen kommer från Gökhem i Västergötland och de som ska representera jägare-samlare (3 st) kommer från Gotland är också problematiskt.

B. Dateringen. Gökhem-individen är daterad till 2900 f.Kr (4900 år gammal), de tre gotlandsindividerna är daterade till mellan 3300-2400 f.Kr. Men det är faktiskt inte spridningen i kronologin som är problemet. Det är att de helt enkelt är för sena. Jordbruket infördes i Sverige runt 3900 f.Kr. Alltså 1000 år tidigare. Ett. Tusen. År. Ett millennium.

Att hävda att Gökhemspersonens DNA ska representera de första invandrarna är ett extremt stort antagande. Ett antagande som hänger på vissa inte uttalade hypoteser. Den första hypotesen är att inte mycket händer befolkningsmässigt under dessa tusen år. Det kunde vara ok som hypotes om det inte vore för att den sociala och materiella kultur vi ser i Sydskandinavien genomgår stora föränndringar under denna tid. Kanske mest markant är att runt 3500 f.Kr. så börjar man konstruera massiva stenkammargravar vilka är en del av den megalitbyggartradition som förekommer fr.a. längs kustnära områden från Malta via Spanien, Frankrike, Storbitannien och hela vägen till Polen. Att vi i Sverige kallar detta vid samma kulturnamn är en forskningshistorisk kvarleva som inte borde användas som nån sorts biologisk utgångspunkt för genetiska studier. Det finns absolut inget som säger att det inte kan ha skett folkomflyttningar under de följande 1000 åren efter jorbrukets införande, antingen stora eller gradvisa i samband med giftermål.

C. Fel utgångspunkt. Att jägarna-samlarna på Gotland (gropkeramisk kultur) presenteras som om de representerade en grupp som aldrig jordbrukat. Trattbägarkulturen fanns på Gotland - den tidiga, men inte den senare megalitiska. Gropkeramisk kultur som förekommer i östra Sverige från Gästrikland ned till Skåne är inte en direkt fortsättning på den mesolitiska jägar-samlarkulturen. Befolkningsmässigt kan de mycket väl vara det, om än troligtvis med en hel del ingifte från andra gruppen, men de utvecklades ur trattbägarkulturen och de områden de bodde i hade etablerat jordbruk och tamdjursskötsel under 5-600 år, även om det kombinerades med jakt och fiske.

Vad som gör mig trött och ledsen med den senaste mediekampanjen är att de som är inblandade VET allt detta, de agerar inte utifrån okunskap. De har dessutom fått dessa invändningar i diverse seminarier och konferenser och i artiklar och avhandlingar under de senaste åren och på inget plan verkar de beredda att bemöta denna källkritik på ett seriöst sätt. De har ett vapen som ingen annan kan mäta sig med: maskiner som säger ping och spottar ut fakta på ett papper.

Men all fakta måste sättas in i ett sammanhang och tolkas. Och vetenskap avgörs av källkritik och statistiskt underlag, inte om man råkar ha en bra analysmetod. Ta bara en titt på en hel del annat som publicerats i fina tidskrifter som Nature och Science och Lancet i efterhand visat sig vara fullständigt felaktiga.

Om vi haft äkta vetenskapsjournalistik i landet hade åtminstone någon kritisk motfråga ställts. Nu accepteras alla uttalanden som gospel. Ska det verkligen vara så att forskare får uttala sig utan något ifrågasättande eller försök till nyansering? Varför ska vi ens ha vetenskapsnyheter i så fall?
Jag blir väldigt, väldigt trött och less och utled på hela cirkusen.

Vad tycker ni? Hur uppfattar ni resultaten? Och nyhetsrapporteringen?


Bloggposter från DNA och Arkeologi-konferens jag var på i Göteborg 2010.
Arkeologi, DNA och kulturkonflikter Del 1

Arkeologi, DNA och kulturkonflikter Del 2

Arkeologi, DNA och kulturkonflikter Del 3


Ett inlägg jag skrev 2009 - första gången detta valsades i pressen
Förfäder och munväder

Alla mina inlägg om DNA och arkeologi (även sånt jag tycker är bra studier)
Kategori DNA

Och så en Under Strecket jag skrev på ämnet 2009. Den är inte så redig som jag skulle vilja tyvärr.

16 kommentarer:

Dr. Max sa...

Åsa:

Mycket välgörande med en sakkunnig kommentar till mediastormen om DNA-profilen hos pre-svenska bönder respektive jägare/samlare.

En känsla jag fick av det kritiklösa instämmandet var att detta skulle passa som medicin för dagens svenskar, smygrasistiska som vi gunås påstås vara allesammans. Var inte Barack Obama rentav tvungen att skicka en representant för att ta i med hårdhandskarna i Malmö?

Man märker avsikten och surnar till.

/Max

Jonas F sa...

Håller helt med.

Inressanta resultat är inte lika med "sanning" förrän de satts i kontext.

Det här blev förstås ett "nummer" på den pågående vetenskapsfestivalen i Göteborg jag återvände ifrån i natt.

Där finns också eftertänksamma moderatorer, som inte riktigt gillar allt som ska torgföras. Den ledande frågade mig plågat vad jag trodde om denna nyhet. Jag är ju alltid "småskeptisk" till såna här omfattande påståenden, men blev ändå smått chockad när han torrt redogjorde för provstorleken...

Micke Nordin sa...

Exakt min åsikt också! https://twitter.com/Micke_Nordin/status/195744948656676864

Frågorna de besvarar i media går inte att besvara med hjälp av materialet de har, vilket betyder att de bara luftar fria fantasier. Om fantasierna stämmer eller inte har vi ingen aning om, kanske, kanske inte. Troligen inte.

En sak till också, när man säger att "jordbrukaren" har medelhavsgener och "jägare och samlarna" har nordeuropeiska gener är det ju dagens befolkning man jämför med, hypotetiskt skulle det kunna innebära att för 5000 år sedan bodde det bara folk med sk medelhavsgener här, sedan flyttade gropkeramikerna in österifrån och tog över med sina överlägsna gener. Alla led i resonemanget är helt enkelt skakiga.

Magnus Reuterdahl sa...

+1 Mycket bra text

Anneli Sundkvist sa...

Själv har jag för länge sedan givit upp och läser inte nya DNA-studier, för jag blir så ilsk just av anledningar du anger: urvalet är ofta väldigt litet, kulturhistorisk koppling tycks ofta lysa med sin frånvaro och likaså viljan att använda olika kategorier av källor. Det är ok - men då skall man inte heller dra slutsatser som förutsätter just det!

Som stor del av forskningen på gammalt DNA tycks bedrivas idag är den oanvändbar som källa för mig (vilket är väldigt tråkigt, eftersom jag är säker på att det finns STOR potential när det gäller mitt eget favoritområde - djuravel och djurhållning).

Hur som helst så tänkte jag nu påbörja min karriär som scifi-skribent, så här presenterar jag det första utkastet:

Svenska Rymddagbladet 29 april 3012

HEMDATORN FÖRDES HIT MED INVANDRARE FRÅN CENTRALASIEN

En ny studie baserad på ett skelett från det nyligen utgrävda Rosengårdsgravfältet i Malmö [daterat 2133, min anmärkning]och tre från Uppsala gamla kyrkogård [daterade 1850-90] visar att det förstnämnda, som genetiskt hör hemma i centralasien, led av s.k. musarm. Detta kan inte beläggas hos Uppsala-skeletten, varför slutsatsen dras...

Åsa M Larsson sa...

@Jonas - skulle vara intressant att höra vad andra genetiker har för åsikter om studier och slutsatser av denna art. Jag vet från egna samtal med utländska genetiker som studerar gammalt DNA att det är ganska kontroversiellt med den här typen av befolkningsstudier.

@Micke - du sätter fingret på en viktig sak. Att jämföra med dagens genetiska uppsättning är dessutom att göra ett enorm skutt över årtuenden av historiska skeenden. Typ bronsåldern, romarriket, medeltiden, pesten mm. Vi kanske behöver veta mer om vad som skett under andra perioder innan vi drar en rak linje från neolitikum till nutid.

Åsa M Larsson sa...

@Anneli - skriv den boken! Given bestseller :D

Pontus Skoglund sa...

Hej Åsa,

Det är tråkigt att höra att tycker det finns allvarliga problem i vår studie och hur den representeras i media. Jag håller med dig om att nyhetsrapportering i sådana här sammanhang väldigt ofta är förenklad och sensationslysten. Som forskare är det viktigt att försöka formulera sig så att det går att skilja observationer från tolkningar (teorier och hypoteser). Du riktar kritik mot svensk vetenskapsjournalistik i synnerhet, så jag skulle vilja tipsa om nyhetsartiklar skrivna av internationella medier såsom t.ex. Nature (http://www.nature.com/news/ancient-swedish-farmer-came-from-the-mediterranean-1.10541), Science (http://www.sciencemag.org/content/336/6080/400.summary), History.com (http://www.history.com/news/2012/04/26/migrants-brought-farming-to-europe-ancient-dna-suggests/) och Wall Street Journal (http://online.wsj.com/article/SB10001424052702304723304577367811331298128.html). Alla dessa ställde tuffa frågor i intervjuer, varav alla svar visserligen inte kom i tryck eller blev exakt citerade.

Det som framhålls i populära media är främst vår tolkning av vilken historisk modell som enklast och bäst förklarar våra data. Läs gärna hela vårt resonemang i artikeln och dess supplementmaterial (http://www.sciencemag.org/content/suppl/2012/04/25/336.6080.466.DC1/Skoglund.SM.pdf) (tyvärr är huvudtexten inte open access men alla som är intresserade är välkomna att kontakta mig på pontus.skoglund@ebc.uu.se), men jag ska försöka kortfattat förklara vad våra slutsatser är baserade på:

Jag ser att en av dina invändningar av tidigare mitokondriestudier är att i princip alla jämförelser kräver att man definierar grupper av individer (t.ex. "Svenskar", "jägar-samlare"). En av fördelarna med att analysera tusentals oberoende genetiska "markörer" från varje individ som vi gör är att man inte behöver definiera grupper, utan varje individ behandlas just individuellt. När vi jämför de 4 stenåldersindividerna med hundratusentals genetiska markörer från totalt ca 3500 nu levande personer med europeisk härkomst, så framgår det i varje analys med stor säkerhet att Gökhemsindividen faller inom den genetiska variationen hos människor i södra europa kring medelhavet (t.ex. Cypern, Sardinien, och Grekland), medan alla de tre gotländska individerna faller utanför den genetiska variationen hos alla nu levande europeer, men är lika grupper från de allra mest nordliga delarna av europa. Ett sätt att beskriva den genetiska signaturen hos de tre gotländska individerna är med hjälp av observationen att genetisk variation i europa liknar den geografiska kartan, och om man ser på de gotländska individerna på samma sätt så placerar deras genetiska signatur dem i norra atlanten.

Detta mönster tyder på att Gökhemsindividen har en annorlunda genetisk bakgrund än de gotländska individerna, men genetiska mönster är alltid ett resultat av historiska processer, så den givna frågan är vilka historiska modeller skulle kunna förklara observationerna?

(forts. nedan)

Pontus Skoglund sa...

(forts. från ovan)

Vi visar att relativt mycket av den genetiska variationen hos personer med europeisk härkomst kan placeras på en "skala" mellan Gökhemsindividen och de gotländska individerna. När vi tittar närmare på Gökhemsindividen genom matematiska modeller, så ser vi att dess historiska relation med andra europeiska populationer inte kan förklaras med en enkel "trädmodell", utan ser tecken på genflöde från en population nära besläktad med Gökhemsindividen till de flesta europeiska populationer.

Den enklaste förklaringen till dessa mönster anser vi vara skillnaderna i arkeologisk kontext mellan individerna, som då mest naturligt skulle ha att göra med jordbrukets spridning över europa. Även om kultur och genetik inte behöver vara kopplade till varandra, så skulle kopplingarna mellan kulturerna som du påpekar kunna passa en modell där europas genetiska variation formades i mötet av koloniserande och redan närvarande människogrupper. Detta utesluter inte att andra historiska perioder också har påverkar europas genetiska variation (säkerligen har de det), men vi föreslår att just jordbrukets spridning kan ha varit en av de viktigaste.

För att ge mina synpunkter på dina kommentarer:

1 och 2. Kul att du tycker att våra data är trovärdiga och tycker det är intressant med genetiska analyser!
3. Jag håller inte med om att det här är samma studie som de tidigare publicerade mitokondriestudierna. Trots det mer begränsade antalet individer så ger våra nya genomiska data och metoderna vi använder för att analysera dom helt andra möjligheter och resultat. Dessutom har de tidigare publicerade studierna fokuserat framförallt på individer associerade med GRK.

A. Urvalet. Tyvärr så är det dyrt och mödosamt att göra den här typen av analyser, och vi skulle mer än gärna haft resurser att inkludera fler individer än 4. Dock så kvarstår resultatet, Gökhemsindividen behöver inte antas representera hela bondekulturen (även om Strontium-isotopstudier av Karl-Göran Sjögren tyder på typiska värden för samtida individer i regionen, och dess mtDNA delas med t.ex. LBK-associerade individer från Tyskland) för att dess oväntade genetiska profil ska kräva någon sorts förklaring. Det genetiska avståndet mellan Gökhemsindividen och de 3 Gotländska individerna är minst lika stort som det maximala avståndet mellan nu levande europeer, så de 30-40 mil som skiljer Falbygden från Gotland duger inte som enda förklaring i min mening.

B. Datering. Om du menar att det första jordbruket 1000 år tidigare var kopplat till en människogrupp som inte är Gökhemsindividens direkta föregångare, så är ju det givetvis teoretiskt möjligt. Men denna genetiska profil hos en individ 1,000 år senare kräver oavsett en förklaring, och tolkningen att dess föregångare migrerade från sydligare regioner hänger inte på att den är representativ för det absolut första jordbruket i Skandinavien.

C. Att kalla de gotländska individerna för jägar-samlare: Jag är ingen arkeolog men förstår att det finns inslag av blandad ekonomi på många platser från den här tidpunkten. Såvitt jag förstår så skulle dock de flesta hålla med om att kontexten som dessa 3 individer kommer ifrån har en väldigt mycket kraftigare betoning på jägar-samlarkultur än kontexten som Gökhemsindividen kommer ifrån. Det är svårt att beskriva detta med det begränsade utrymme som Science ger, men i supplementmaterialet så finns en text som diskuterar den relevanta arkeologiska bakgrunden lite mer utförligt.

För mig som populationsgenetiker (med stort arkeologiskt intresse!) så är resultaten oerhört fascinerande, särskilt ur perspektivet av dagens genetiska/genomiska variation. Jag är väldigt nyfiken på att höra hur du tolkar du våra resultat utifrån ditt perspektiv, och hoppas på en fortsatt aktiv diskussion, fri från raljerande, mellan arkeologi och populationsgenetik kring den här och flera andra frågeställningar!

Vänliga hälsningar,
Pontus Skoglund

Pierre sa...

Bra Åsa! Har väntat på din kommentar ända sedan jag hörde nyheten på Aktuellt i veckan. Den behövs när media behandlar allt som om det vore klappat och klart.

Åsa M Larsson sa...

@Pontus - Tack för din utförliga respons. Jag har lyft upp den till ett eget inlägg så den blir mer synlig.

batman sa...

Pontus: "Den enklaste förklaringen till dessa mönster anser vi vara skillnaderna i arkeologisk kontext mellan individerna, som då mest naturligt skulle ha att göra med jordbrukets spridning över europa. Även om kultur och genetik inte behöver vara kopplade till varandra, så skulle kopplingarna mellan kulturerna som du påpekar kunna passa en modell där europas genetiska variation formades i mötet av koloniserande och redan närvarande människogrupper. Detta utesluter inte att andra historiska perioder också har påverkar europas genetiska variation (säkerligen har de det), men vi föreslår att just jordbrukets spridning kan ha varit en av de viktigaste."

Här ligger den allvarligaste invändningen till er utförliga analys. Det hade varit väsentligt lättare att ta studien allvarligt om ni hade presenterat resultaten utan att tolka in dom i en historisk kontext - vilket är ett annat ämnesområde, en bra bit utanför genetikens egentliga kompetens. Efter en mera noggrann övervägning av materialen ihop med olika historiker och akeologer kunde man sen - med fördel - mycket gärna göra en separat publikation där olika möjligheter fått belysning.

Nu har man drodlat lite om dessa principer på arkeologiforum också:

http://www.arkeologiforum.se/forum/index.php/topic,5339.0.html

Martin sa...

Utmärkt Åsa! Jag tycker det är larvigt att låta en ensam mellanneolitisk individ representera en hel folkvandring vid starten av neolitikum. Jag tror han var son till den lokala pizzabagaren som kom gående från Italien några årtionden tidigare.

Krister sa...

Kan någon förklara varför vetenskapsjournalistiken i Sverige ligger på u-landsnivå?

Som Ny Teknik uttryckte det:

"Med hjälp av nya DNA-metoder visar forskare i Uppsala att stenåldersbönder från södra Europa vandrade norrut och parade sig med jägare i norra Europa."

Sen instämmer jag med den förste kommentatorn, Dr. Max. Resultat som kan presenteras politiskt korrekt löper väl ännu mindre risk att ifrågasättas...

Måns Sjöberg sa...

Pontus: I Skateholm grävde man fram minst 40 individer som verkligen levde där före jordbrukets införande. Det måste väl vara mycket intressantare att jämföra trattbägingarna med dem än med gropkeramikerna, som uppenbart INTE är de sista jägar-samlarna i södra Skandinavien. Varför gör ingen det?

Anonym sa...

Måns Sjöberg ..Precis! Detta har också länge varit min undran. Svaret torde väl vara att man då troligen skulle få ett resultat som inte skulle passa in i dagens politiska agenda.